Nie wiem wokół czego jest najwięcej zamieszania w kościele, ale chrzest niemowląt jest tu na pewno w czołówce tematów "zamieszania". To jednak nie Biblia jest temu winna, ona wypowiada się całkowicie jasno w temacie: czym jest chrzest, dla kogo jest, jaką rolę spełnia. Większość współczesnych kościołów protestanckich naucza, że:
w Biblii tylko wierzący, którzy złożyli swą ufność w Chrystusie byli chrzczeni – jako publiczne świadectwo ich wiary i utożsamienia się z Nim (Dzieje Apostolskie 2:38; Rzymian 6:3-4). Chrzest wodny przez zanurzenie jest krokiem posłuszeństwa po uwierzeniu w Chrystusa. Jest to proklamacja wiary w Chrystusa, zaświadczenie o poddaniu się Jemu i zidentyfikowaniu się z Jego śmiercią, pogrzebem, i zmartwychwstaniem.
Kościoły Reformowane wyznają natomiast tzw. Teologię Przymierza*, gdzie według nich chrzest stanowi pieczęć przymierza i jest znakiem włączenia do Kościoła. Według tej doktryny, chrzest w Nowym Przymierzu jest kontynuacją obrzezania w Starym Przymierzu, dlatego też zwolennicy tej doktryny dopuszczają chrzest niemowląt i dzieci. Trzeba jeszcze rozróżnić, że w Teologii Przymierza, chrzest dzieci ma nieco inne znaczenie niż w teologii katolickiej, gdzie chrzest to pieczęć zbawienia.
*Teologia Przymierza nie jest teologią w sensie systematycznego nauczania doktrynalnego, jest raczej metodą interpretacyjną. Jest ona zazwyczaj porównywana do innej metody nazywanej Teologią Dyspensacjonalną. Dyspensacjonalizm jest obecnie jedną z najpopularniejszych metod interpretacyjnych, natomiast Teologia Przymierza jest charakterystyczna dla poglądów Reformowanych (Kalwinistycznych) .