Na uniwersytecie w Strasburgu studiował filozofię, historię i teologię. W 1663 roku został powołany na kaznodzieję w katedrze w Strasburgu. Rok później doktoryzował się.
Po powołaniu na kaznodzieję w kościele św. Pawła we Frankfurcie nad Menem Spencer gorliwie zabiegał o wprowadzenie konfirmacji (w kościołach ewangelickich odpowiednik jednocześnie pierwszej komunii i bierzmowania), świętowania niedzieli, o założenie domów opieki, sierocińców, domów dla robotników. Jego kazania kładące nacisk na codzienną pobożność, wywoływały różny oddźwięk. Część wiernych go podziwiała, część odrzucała jego poglądy, w których widziano zagrożenie luterańskiego usprawiedliwienia.
W 1670 roku doszło do powstania konwentykla (zgromadzenia w celu budowania wiary wierzących poza nabożeństwami) nazywanego Collegia Pietatis (pobożnym zgromadzeniem) - pietystycznej grupy domowej, której spotkania odbywały się dwa razy w tygodniu. Jego celem było wzajemne budowanie wiary i "świętej przyjaźni". Spener wygłaszał modlitwę i odczytywał fragmenty budujących książek. Pozwalał na wymianę poglądów, ale wg reguły: żadnej dyskusji bez związku z pobożnością, nie mówić o nieobecnych i urazy tylko publicznie wymieniać.
W 1675 roku ukazała się jego "Pia desideria - pobożne życzenia czyli serdeczne pragnienie Bogu się podobającej naprawy prawdziwego Kościoła ewangelickiego", najpierw jako przedmowa do postylli ewangelickiej Jana Arndta, a później jako osobne dzieło (do kupienia w Polsce). Dzieło jest podzielone na trzy części: diagnoza, prognoza, terapia. W których Spener przedstawia zarówno stan luterańskiego kościoła, jak i podaje propozycje jego naprawy (terapia).
W roku 1686 został Spener głównym kapelanem dworu saksońskiego w Dreźnie i przez to piastował jedno z najznakomitszych stanowisk w ówczesnym luteranizmie. Nie organizował tam żadnych spotkań typu Collegia pietatis, lecz skoncentrował się na pracy katechetycznej.
Z powodu różnic z księciem Janem Jerzym III Wettynem, Spener przyjął w 1691 roku stanowisko prepozyta i radcy konsystorza przy kościele św. Mikołaja w Berlinie. Chociaż nie organizował sam zebrań, to został orędownikiem pietyzmu. Swoimi pismami bronił pietyzmu przeciw atakom luterańskich ortodoksów. Warto dodać, że Spener był ojcem chrzestnym założyciela braci morawskich Nikolausa Ludwiga von Zinzendorf.
Spener zmarł 5 lutego 1705 roku w Berlinie. Uroczystość pogrzebowa odbyła się w kościele św. Mikołaja.