Kościół protestancki w Siedmiogrodzie pod przewodnictwem swoich duchownych, przyjął początkowo umiarkowaną formułę luteranizmu (wg tradycji Filipa Melanchtona). Jednak po roku 1550 większość kościołów zwraca się do ku myśli reformowanej.
Pastorzy Gregor Szegedi i Peter Méliusz Juhasz wysuwali argumenty nad sposobem obecności Chrystusa w Wieczerzy Pańskiej. Reprezentowali oni opinię zgodną z kalwińską doktryną duchowej obecności Chrystusa, do której coraz bardziej przekonywali Kościół Siedmiogrodu.
Rok 1564 jest uważany za pierwszy, oficjalny rok Reformowanego Kościoła w Siedmiogrodzie, a w roku 1567 większość pastorów zdecydowała się na reformowaną drogę reformacji. W roku 1565 został wprowadzony Katechizm Heidelberski w Klausenburg (dzisiaj Cluj Napoca). W roku 1571 księciem Siedmiogrodu został katolik Stefan Bathori (Batory). Chociaż popierał on kościół rzymskokatolicki, zasada, że każde miasto może wybrać własne wyznanie nadal obowiązywała.
Niektórzy książęta nadal współpracowali z Habsburgami, dlatego groźba rekatolizacji wciąż "wisiała" nad Siedmiogrodem. W wyniku III wojny austriacko-tureckiej władzę w Siedmiogrodzie zdobyła reformowana szlachta, a kalwinista Gábor Bethlen został księciem Siedmiogrodu (później wybrany na króla Węgier). Okres rządów Gábora Bethlena jest uważany za "złoty wiek" Siedmiogrodu (co ciekawe, okres reformacji w Polsce również tak nazywamy).
Supremacja Turcji sprzyjała Kościołowi Reformowanemu, ponieważ razem tworzyli koalicję anty-habsburską. Ta dobra sytuacja Kościoła zmieniła się w 1692 roku, w którym Siedmiogród dostał się pod panowanie Habsburgów, którzy chociaż obiecali respektować wolność wyznania, natychmiast przystąpili do rekatolicyzacji księstwa. Budowle sakralne zostały skonfiskowane, a korzystanie z Katechizmu Heidelberskiego było zabronione.