Orygenes był wyznawcą apokastazy, czyli "odnowienie wszystkiego, gdy wszystko wróci do Boga". Dusze grzeszników przechodzą przez oczyszczający ogień, gdzie zostają oczyszczone i Bóg ponownie jest wszystkim we wszystkim. Spekulował, że być może nawet szatan zostanie oczyszczony... ta wizja powszechnego zbawienia, a w konsekwencji "pustego piekła" jest we współczesnym świecie niesłychanie żywotna, świadczy o tym min. fakt, że w roku 1996 synod biskupów kościoła anglikańskiego procedurami demokratycznymi (głosowanie) ustalił, że piekła nie ma!
Orygenes nauczał, że człowiek "składa się" z "trzech części" pneuma + psyche + soma, pneuma jest działaniem bożym w człowieku, natomiast dusza to umysł + życie, nauczał, że światy bez końca następują kolejno po sobie (ponownie tradycja platońska), aby zagwarantować możliwość powrotu do Boga wszystkim upadłym duchom, głosił wiarę w grzech pierworodny, uzasadniając nakaz chrztu dzieci, głosił pogląd w potrójny sens Pisma Świętego: literalny - dosłowny, psychiczny - moralny i duchowy - mistyczny. Na bazie filozofii udowodnił niematerialność Boga:
materia z natury podlega zmianie,
a to, co się zmienia, przestaje być tym,
czym było,
zmiana pociąga za sobą zniszczenie...
gdyby więc Bóg był materialny,
to byłby zniszczalny i nie byłby Bogiem.
W połowie VI wieku patriarchowie Antiochii i Jerozolimy odrzucili niektóre poglądy teologa z Aleksandrii. Do sporu włączył się cesarz Justynian Wielki, który po przestudiowaniu pism Orygenesa w edykcie z roku 542 uznał go za heretyka.
W roku 553 podczas V soboru powszechnego w Konstantynopolu poddano ostrej krytyce poglądy Orygenesa w tematach: preegzystencji dusz, zmartwychwstania oraz powszechnego zbawienia. W wyniku nacisku cesarza oficjalnie go potępiono i zniszczono większość jego dzieł.
Orygenesowi przypisywano wiarę w reinkarnację... jednak w zachowanych pismach nie ma na to jasnych dowodów. Wręcz przeciwnie: "leczymy tych, którzy cierpią na głupią wiarę w reinkarnację" pisał wprost Orygenes w diatrybie przeciw Celsusowi. A w Komentarzach do Ewangelii św. Mateusza czytamy: "Prawy chrześcijanin, odrzucając jako fałsz naukę o reinkarnacji…" lub "Inni ludzie, ci którzy stoją daleko od kościelnej nauki, mogą żywić przekonanie, że dusze opuszczają ciała ludzkie i – odpowiednio do stopnia swej grzeszności – wchodzą do ciała psów. My jednak czegoś takiego w Piśmie Świętym nigdzie nie znaleźliśmy".
Poglądy Orygenesa nie kształtowały się w próżni, wynikały po części z istnienia licznych herezji, min. Marcjona, który głosił istnienie dwóch Bogów – okrutnego starotestamentowego i miłosiernego ewangelicznego. Marcjoniści twierdzili, że to okrutny Bóg żydowski jest sprawcą nierówności dusz (dlatego niektórzy rodzą się kalekami). Orygenes głoszący jednego Boga, sięgnął po platońskie idee głoszące, że dusze zostały stworzone w jednym momencie, w całkowitej równości i stanowią byty odwieczne współistniejące z Bogiem...