Jedną z głównych przeszkód na jaki natrafiała reformacja w Szkocji była... polityka. Szkocja była w tym czasie anty-angielska, a tym samym musiała być pro-rzymska... Po śmierci króla Szkocji Jakuba V w roku 1542, jego córka Mary Stuart (jako niemowlę) została królową Szkocji. W jej imieniu władzę sprawowała matka - Mary of Guise.
John Knox zdobył wykształcenie na Uniwersytecie św. Andrzeja, gdzie w 1540 roku otrzymał święcenia kapłańskie. Jak większość - był katolickim księdzem, który przeszedł na protestantyzm. W 1547 roku po zdobyciu przez wojska francuskie okupowanego przez protestantów zamku św. Andrzeja Knox został pojmany, wywieziony do Francji i skazany na galery, gdzie spędził półtora roku. Uwolniony po interwencji króla Edwarda VI został pastorem w Berwick i Newcastle-upon-Tyne w Anglii. Gdy Mary Tudor wstąpiła na tron (w roku 1554), Knox udał się do Genewy, gdzie został współpracownikiem Jana Kalwina.
Po powrocie do Szkocji w roku 1559, usilnie pracuje nad uzyskaniem akceptacji dla reformacji. W tym czasie w Szkocji istnieje głęboki konflikt pomiędzy regentką Marią de Guise a szlachtą protestancką wspieraną przez królową Anglii Elżbietę I. Protestanci nie ufali Marii (była Francuzką i katoliczką, co znacznie osłabiało jej autorytet). Maria zwróciła się o pomoc do swojej francuskiej rodziny, w oczach adwersarzy oznaczało to zdradę interesów Szkocji. W roku 1559 Maria została usunięta ze stanowiska regentki, a 11 czerwca 1560 zmarła na zamku w Edynburgu.
Zwycięstwo reformacji w Szkocji jest już tylko kwestią czasu. W roku 1560 parlament Szkocji ogłasza kalwinizm jedyną religią państwową i zakazuje innych praktyk religijnych. Szkocka gorliwość w walce z rzymskim katolicyzmem doprowadza do zburzenia niemal wszystkich katolickich kościołów (z wyjątkiem katedr w Edynburgu i w Stornoway). Przykład skutecznego działania reformatorów widzimy poniżej (Ruiny katedry św. Andrzeja w Fife).
W tym samym roku zostało przyjęte przez Zgromadzenie Ogólne Szkockiego Kościoła "Confessio Scotica" (Szkockie Wyznanie Wiary - sporządzone przez John`a Knox`a).
W roku 1561 Maria Stuart zostaje regentką Szkocji i podejmuje próbę nawrócenia kraju na katolicyzm. Doprowadza to do wybuchu w roku 1567 zbrojnego powstania, Maria musiała abdykować (tron szkocki objął jej syn Jakub VI, który po śmierci królowej angielskiej Elżbiety I wstąpił w roku 1603 na tron Anglii jako Jakub I i połączył oba kraje unią personalną).
Prace Johna Knoxa:
- History of Reformation in Scotland (Historia reformacji w Szkocji)
- Faithful Admonition (Ostrzeżenie dla wiernych)
- Letters of Wholesome Counsel (Listy różnorakich porad)
- The First Book of Discipline (Pierwsza księga reformy)