Dzieje Kościoła próbuje się systematyzować według trzech kryteriów:
- rzeczowego, wg tego kryterium powstaje np.: historia reformacji, papiestwa itp., a także historia postaci (osób).
- geograficznego, wg tego kryterium systematyzuje się historię Kościoła powszechnego, historię Kościoła w Europie itp.
- chronologicznego, jest to podział przysparzający najwięcej problemów. Historia bowiem "płynie" nieprzerwanie, można w niej przyjąć tylko umownie pewne wydarzenia jako granice epok i okresów.
- starożytność, z którą historycy mają najwięcej trudności przy ustalaniu wydarzenia granicznego (ze średniowieczem). Według jednych, datą przełomową jest rok 604, czyli śmierć papieża Grzegorza Wielkiego, a według innych rok 692, czyli data synodu Trullańskiego II albo jeszcze rok 754, czyli powstanie Patrimonium Sancti Petri, czyli Państwa Kościelnego.
- średniowiecze, które kończy się wystąpieniem Lutra w 1517 roku,
- czasy nowożytne, które liczy się do wybuchu I wojny światowej i dzieli na trzy okresy: do pokoju westfalskiego, do wielkiej rewolucji francuskiej i do wybuchu pierwszej wojny światowej.
- czasy najnowsze.
*Eklezjologia - nauka o genezie, istocie, cechach, strukturach, zadaniach i celach Kościoła.
